11 propositions pour accélérer
l'innovation en santé

Il existe en France une constellation d'acteurs publics (nationaux, régionaux, locaux), privés et mixtes publics / privés qui revendiquent un rôle actif dans l'accompagnement des startups en santé en France et vers l'international. La qualité de l'accompagnement est variable. De plus :

• • Les acteurs de l'accompagnement proposent souvent une expertise parcellaire sur le parcours de l'innovation et / ou des dispositifs d'aide, parfois dans l'objectif de prévenir une forme de concurrence avec d'autres acteurs de l'accompagnement.
• • Il n'existe pas (ou peu) d'offre de mentorat de pair à pair, c'est-à-dire l'accompagnement du dirigeant d'une jeune startup par un dirigeant de startup expérimenté. Cette offre est pourtant essentielle quand on sait que 77 % des dirigeants de startups sont des scientifiques, des médecins ou des ingénieurs, et donc avec une éducation entrepreneuriale limitée.

Cette situation est source d'inefficience : les dirigeants des startups peinent à choisir un ou plusieurs acteurs et risquent de faire des choix inadaptés par rapport à leur niveau de maturité et à leur technologie. Dans ce cas, le temps perdu n'est jamais rattrapé et le retour sur investissement est incertain.

Le financement est la première préoccupation des dirigeants de startups en santé. Tout au long du parcours de l'innovation, les sommes à trouver sont importantes, de 1,5 à 2,0 Md€ pour un médicament.

Mi 2025, l'horizon de trésorerie moyen des startups en santé était de 6 à 12 mois, de 3 mois et moins pour un tiers d'entre elles. Fin 2025, 42 % des entreprises innovantes en santé rencontrent des difficultés de trésorerie. Seules 17 % d'entre elles ont réussi à se refinancer, et la durée de l'opération est de 11 mois, pendant lesquels l'essentiel des forces vives est concentré sur les échanges avec les investisseurs, au détriment des activités de recherche et de développement.

Dans ce contexte, les financements publics sont essentiels. 64 % des entreprises ont bénéficié d'un financement non dilutif issu essentiellement du plan France 2030, qui a permis de flécher 2,4 Md€ vers des projets liés aux biothérapies et à la bioproduction de thérapies innovantes, à la santé numérique et aux maladies infectieuses émergentes et menaces Nucléaires, Radiologiques, Biologiques et Chimiques (NRBC). 87 % des entreprises bénéficient du Crédit Impôt Recherche (CIR), qui couvre 20 à 30 % des dépenses d'exploitation des startups. 56 % bénéficient du statut de Jeune Entreprise Innovante (JEI).

Cependant, les entrepreneurs rencontrent de réelles difficultés à connaître et comprendre les différentes aides publiques françaises et européennes ; les dossiers de demande sont complexes et spécifiques à chaque aide ; les entreprises innovantes en santé françaises bénéficient peu des aides européennes ; et, en l'absence de stratégie claire pour le développement de la filière de l'innovation en santé, les aides publiques sont éclatées entre des projets multiples et variés, finançant parfois en parallèle des projets concurrents.

Du côté des investissements privés, le dispositif Tibi a permis d'orienter 6 puis 7 Md€ de l'épargne des investisseurs institutionnels au profit des entreprises technologiques par l'intermédiaire de fonds d'investissements spécialisés. 50 % de ces investissements ont été réalisés en France et 25 % sur des projets innovants en santé. Cependant, le nombre d'équipes spécialisées pour analyser les projets d'investissement reste limité, la connaissance du secteur de l'innovation en santé par les investisseurs institutionnels est à parfaire et certaines sources de financement sont encore peu exploitées.

L'accès des innovations aux patients et aux systèmes de santé impose un développement préclinique (avant la première utilisation chez l'Homme) puis clinique (utilisation chez l'Homme) rigoureux afin de démontrer leur innocuité et leur efficacité dans une population donnée. Les standards de ce développement sont imposés par les autorités réglementaires des différents pays ou régions du monde, avec de nombreuses exigences communes mais aussi d'importantes variations en termes de méthodologies ou de preuves attendues.

Compte tenu de leur fragilité financière, les startups innovantes en santé internalisent l'ensemble des certaines activités relatives à leur expertise technologique et externalisent les activités génériques. Le recours à la sous-traitance concerne 81 % d'entre elles.

La France dispose d'un écosystème riche et innovant de sous-traitants experts de la recherche préclinique (près de 300 entreprises, 20 000 salariés, 3,5 Md€ de CA dont 40 % à l'export) et clinique. Des concurrences délétères existent entre acteurs privés et acteurs publics. Cet écosystème est source d'innovations dans le domaine des technologies de développement des innovations en santé (organoïdes, organes sur puce, modèles de prédiction assistés par IA, outils numériques assistés d'IA pour le recrutement des essais cliniques ou la construction de nouveaux modèles d'essais cliniques). Ces innovations peinent parfois à être reconnues en France et en Europe, alors même que les exigences réglementaires américaines évoluent en leur faveur.

Il est important que les startups trouvent facilement en France tous les sous-traitants experts de la recherche préclinique et clinique dont elles ont besoin, afin de maximiser la création locale de valeur et de prévenir la délocalisation progressive des activités. Un écosystème français mieux identifié et mis en valeur, dont les innovations réglementaires sont reconnues en Europe et au-delà, est source d'attractivité pour l'implantation en France de startups étrangères.

L'accès des innovations aux patients et aux systèmes de santé impose également un développement industriel rigoureux, conforme aux exigences réglementaires internationales.

Comme pour le développement préclinique et clinique, le développement industriel puis la production sont le plus souvent sous-traités à des tiers experts. Le processus de fabrication doit être défini tôt dans le parcours de l'innovation, dès les premiers travaux de développement clinique. Le lieu du développement industriel est souvent le lieu de la production des premiers produits nécessaires au développement clinique, puis le lieu de la production des produits commerciaux.

La fabrication française des produits de santé a souffert du phénomène général de désindustrialisation. Pour le médicament, le nombre de sites industriels a reculé de 20 % entre 2000 et 2015, et les emplois de 13 %. Si 50 % des principes actifs consommés en France en 1990 étaient fabriqués en France ou en Europe proche, en 2010-2015 ils viennent à 70-80 % d'Inde et de Chine. Cette tendance s'accélère : en 2025, les imports pharma de la France originaires de Chine et Hong-Kong ont doublé en un an (+131 %, de 1,0 à 2,3 Md€). Sur les 508 médicaments autorisés en Europe entre 2017 et 2022, seulement 48 produits sont fabriqués en France, contre 122 en Allemagne, 97 en Irlande, 74 aux Pays-Bas et 53 en Espagne. Si le médicament dégage un excédent commercial historique, sa contribution est passée de +8 à 10 Md€ en 2003-2005 à +4,1 Md€ en 2024 puis +2,6 Md€ en 2025, soit un recul de 1,5 Md€ en un an.

Au-delà de la production, la France peine également à exporter au-delà du marché européen : 46,9 % seulement des exports pharma français sortent de l'UE en 2025, contre 55,7 % en moyenne européenne (12ᵉ rang européen, loin derrière l'Irlande à 67,3 %, le Danemark à 65,0 %, l'Allemagne à 58,2 %). La France capte donc mal la dynamique des grands marchés mondiaux en croissance (États-Unis, Suisse, Asie), qui représentent pourtant 87 % des exports pharma de l'UE.

Si les expertises existent sur le territoire national, elles ne sont pas forcément visibles et n'ont pas nécessairement l'agilité pour répondre rapidement aux besoins des startups dont l'horizon de trésorerie ne dépasse en moyenne pas 12 mois. Un écosystème français mieux identifié et mis en valeur est source d'attractivité pour l'implantation en France de startups étrangères. Par ailleurs, une production locale dès les premiers stades de développement clinique est source d'exportation.

Le bon usage des données de santé (dans le respect des règles éthiques françaises et européennes en vigueur) est un levier économique majeur :

• • L'exploitation du stock de données existantes à des fins de recherche permet de sécuriser et d'accélérer le développement des innovations technologiques ou organisationnelles en santé. Il permet de réduire le coût des développements en limitant le nombre d'échecs et en réduisant la durée du parcours de l'innovation.
• • L'exploitation du flux de données permet d'optimiser le parcours de soins, et donc la qualité des soins. Dans un système de santé dont le budget est contraint et dont une part importante des dépenses sont considérées comme évitables, il permet d'envisager des économies substantielles sans altération de la qualité des soins. Il peut également améliorer la pénibilité du travail des soignants.

Cependant, si le système de santé collecte de très nombreuses données individuelles de soin (notamment à l'hôpital, stockées dans les bases du Programme de Médicalisation des Systèmes d'Information (PMSI), ou en ville, stockées dans les bases SNIIRAM / DCIR, le Système National d'Information Inter-Régimes de l'Assurance Maladie et son Datamart de Consommation Inter-Régimes), celles-ci sont peu accessibles.

Concernant le stock, le Health Data Hub (HDH) a échoué dans l'ambition de centraliser toutes les bases en un seul point. Les délais d'accès aux données sont longs (≈18 mois), incompatibles avec l'horizon moyen de trésorerie des startups (6 à 12 mois). Les startups qui développent des solutions assistées par l'IA vont entraîner leurs algorithmes avec des données étrangères. Les récents changements de gouvernance du HDH et le lancement d'un appel d'offre pour une solution de stockage souveraine laissent entrevoir un accès plus rapide à long terme. D'autres solutions loco-régionales plus agiles doivent être encouragées afin de tester les cas d'usage et de prévenir la délocalisation des activités : les Entrepôts de Données Santé (EDS) développés notamment par les CHU (isolés ou mutualisés), ou le projet de fédération d'EDS, peuvent être un point de départ solide de ces pilotes.

Concernant le flux, les hôpitaux utilisent de multiples logiciels et applications qui ne communiquent pas entre eux. Il est donc difficile d'avoir facilement une vision consolidée des informations du parcours d'un patient et d'intégrer des solutions numériques qui en facilitent l'optimisation, voire prédisent le pronostic. Au-delà de l'impact sur le soin, cette situation coûte aux hôpitaux entre 0,36 et 1,8 Md€ par an (connexions techniques réalisées au cas par cas entre logiciels, négociations nécessaires pour accéder aux données, ressources humaines mobilisées dans les établissements de santé pour gérer ces interconnexions).

Pour financer le développement de leur technologie, les startups ont besoin de rassurer les investisseurs quant à leur capacité à satisfaire aux exigences des différentes étapes d'accès au marché en France et dans les principaux marchés. Les acteurs de l'accès au marché sont à peu près identiques au parcours français :

• • Un régulateur, qui va évaluer le rapport bénéfice / risque de la technologie : ANSM (Agence Nationale de Sécurité du Médicament) ou EMA (Agence Européenne du Médicament) pour le médicament ; organismes notifiés pour le dispositif médical.
• • Puis un évaluateur, qui va évaluer le bénéfice médical dans le contexte local du soin et définir le niveau de remboursement par l'assurance maladie : la HAS (Haute Autorité de Santé).
• • Enfin un payeur, qui va négocier un prix : le CEPS (Comité Économique des Produits de Santé).

Contrairement à la plupart des marchés, un industriel ne peut pas interroger l'ensemble des acteurs au moment où il le souhaiterait. Les avis rendus par les acteurs ne font par ailleurs pas l'objet d'un compte rendu formel. Cette situation rend difficile la conviction des investisseurs sur la pertinence du marché français, et aléatoire les conclusions du processus d'accès au marché français.

Même si le marché français ne représente que 4 % du marché mondial des médicaments et des dispositifs médicaux, il est une vitrine de la pertinence des innovations technologiques françaises :

• • Pour des innovations à coût de développement modéré, il est souvent le marché prioritaire car le moins onéreux à prospecter.
• • Pour la plupart des innovations, il est souvent un marché « test » dont la réceptivité est scrutée par d'éventuels partenaires commerciaux.

Or, aujourd'hui, une faible proportion des innovations issues de jeunes entreprises françaises trouve un premier client public dans les 18 mois suivant leur mise sur le marché, indépendamment des bénéfices cliniques et / ou organisationnels qu'elles revendiquent. Cette situation ralentit le déploiement en France et à l'international des innovations françaises, et donc la création de valeur sur le territoire national.

Pour les dispositifs médicaux (DM) et les dispositifs médicaux de diagnostic in vitro (DMDIV), l'accès au marché est conditionné par la délivrance d'un certificat de conformité dit « marquage CE ».

Publiés en 2017, les nouveaux Règlements Européens du Dispositif Médical (MDR) et du Diagnostic In Vitro (IVDR) visent à renforcer la sécurité des patients. Ils confient la délivrance du marquage CE à des tiers privés appelés « organismes notifiés » (ON).

Neuf ans plus tard, si les bénéfices en termes de sécurité restent discutables, les contraintes imposées par ces nouveaux règlements pèsent lourdement sur l'industrie française (et européenne) innovante du dispositif médical et du diagnostic in vitro, composée de 1 300 startups économiquement fragiles (6 à 12 mois de trésorerie) :

• • Temps pour obtenir le marquage CE, de la soumission initiale du dossier à la certification finale et fin de l'audit : 38 % entre 6 et 12 mois, 48 % entre 12 et 24 mois.
• • Nombre d'organismes notifiés contactés pour obtenir une réponse favorable : 1 seul pour 41 %, entre 2 et 4 pour 34 %, plus de 4 pour 14 %.
• • Délais pour obtenir une lettre d'engagement : moins d'un mois pour 17 %, entre 1 et 3 mois pour 43 %, entre 3 et 6 mois pour 30 %.
• • Délais pour avoir une place pour la certification : moins d'un mois pour 10 %, entre 1 et 3 mois pour 30 %, entre 3 et 6 mois pour 15 %, plus de 6 mois pour 45 %. S'ajoutent l'absence de planning clair ou les difficultés majeures à contraindre les organismes notifiés à respecter les plannings prévus, avec des difficultés à joindre les interlocuteurs et des évaluations qui prennent un retard substantiel.
• • Coûts globaux de certification : entre 20 et 50 k€ pour 60 %, entre 50 et 100 k€ pour 32 %, plus de 100 k€ pour 8 %.

Les startups françaises développent en général trois innovations, et sont totalement dépendantes de ces quelques produits pour leur survie. La relation commerciale qu'elles peuvent développer avec les organismes notifiés est donc totalement déséquilibrée.

Par ailleurs, de plus en plus d'exemples de ruptures d'approvisionnement, de rationalisation de gammes de produits ou de retraits du marché de certains dispositifs (DM et DMDIV) sont rapportés, ces décisions étant largement attribuées aux contraintes réglementaires accrues. Ces phénomènes introduisent de nouveaux risques pour les patients et les professionnels de santé, liés à l'indisponibilité de technologies médicales auparavant disponibles ou jugées indispensables.

Alertée sur ces difficultés, la Commission Européenne a publié en décembre 2025 une proposition de simplification des règlements. Ce texte initial traite de façon favorable un grand nombre de faiblesses identifiées des règlements de 2017. Il doit cependant encore être discuté et approuvé par le Parlement et le Conseil des Ministres, et la publication de sa version définitive n'est pas attendue avant la fin de l'année 2027. Par ailleurs, un certain nombre d'actes d'exécution ont été publiés, dont les décisions peuvent être mises en place dès à présent. Afin de soutenir les entreprises françaises innovantes en santé et d'attirer en France d'autres acteurs européens et internationaux, la France pourrait anticiper un certain nombre de mesures de simplification dans le respect bien entendu des règlements en vigueur.